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1922年8月31日(民国十一年),生于福建省闽清县,马来西亚归侨,5岁时他跟随母亲来到马来西亚投奔父亲。在马来西亚,幼年一边帮父亲割橡胶一边读书。


1940年(民国二十九年),回国参加抗日活动,由于去不成延安,只能留昆明求学,决心以“读书救国”。同年入昆明郊区的同济大学附属中学求学。 


1941年底(民国三十年),太平洋战争爆发后,不久日军便攻占香港,当时滞留在港的不少著名人士如何香凝、柳亚子、邹韬奋、茅盾以及联大教授陈寅恪等都无法及时撤离,原因是孔祥熙等达官贵人垄断了中航公司的飞机,专门运他们的私人财物家具,孔家甚至把洋狗也用飞机运到重庆。重庆《大公报》揭露此事,引起西南联大师生极大愤慨。


1942年(中华民国三十一年)一月七日,西南联大学生发起讨孔游行,西南联大串联到了同济附中,身为班长的吴孟超即刻领着同学们上了街。


1943年(民国三十二年),与日后的妻子吴佩煜双双被同济大学医学院录取[2]  ,成为医学前期学生(当时同济大学医学分为医前期和后期,前期学习主要打基础,考试合格后方可进入后期学习临床及各项具体医技)。


1946年初(民国三十五年),医前期考试通过,到宜宾(当时医学院设在宜宾)进入医后期学习。


1949年,毕业于同济大学,获学士学位。同年进入华东军区人民医学院第一附属医院(即后来的第二军医大学第一附属医院),当上外科军医。有缘再拜师裘法祖教授,学裘师的医术与医道。


1958年,翻译并出版了中国第一本肝脏外科方面的专著-《肝脏外科入门》,同年组成了以吴孟超为首的旨在攻克肝脏外科为目标的“三人研究小组”。